En 2009 se crea la Liga Euskotren con el objetivo de dar un impulso al remo femenino y crear una competición de élite como ya se venía haciendo en categoría masculina. La primera edición contó con 8 jornadas en las que se compitió por selecciones territoriales, teniendo como primeras participantes a Catalunya, Bizkaia, Gipuzkoa y la campeona Galicia.

En 2011 los clubs de remo femenino comienzan a coger el testigo de las selecciones y se pasa a competir en un total de 10 jornadas, con la unión entre los clubs de Getaria - Tolosa como campeonas. La trainera de Zumaia Salegi Jatetxea se proclama vencedora dos años consecutivos (2012 y 2013), último club vencedor hasta que en 2014 comienza la hegemonía de las 'batelerak'.

Tras conseguir un subcampeonato en las dos ediciones disputadas previamente, en 2014 San Juan Iberdrola se lleva su victoria en la Liga Euskotren, por delante de Hibaika Jamones Ancín. A partir de este momento, ningún equipo consigue arrebatarle la corona de campeonas a las 'batelerak' de San Juan Iberdrola. El equipo 'arroxa' revalida su título año tras año hasta conseguir su quinto trofeo Euskotren el año 2018. Un 2018 muy especial para la Liga Euskotren, ya que celebraba su décima edición, y aumentando hasta 16 las jornadas disputadas por los clubs femeninos durante la jornada estival.

En 2019, un nuevo equipo se incorporó al palmarés de las vencedoras. Orio Babyauto se llevó el primer Trofeo Euskotren de su historia.  Las 'aguiluchas' repitieron título en 2020 como trainera más rápida del Cantábrico.

En 2021, y tras una lucha igualada, Donostia Arraun Lagunak escribió su nombre entre las vencedoras, siendo la primera trainera de la capital guipuzcoana en alzar el título de la Euskotren Liga.

En la temporada 2022, Orio Orialki volvía a vencer con claridad, con doce victorias en 14 jornadas disputadas en la última temporada de la Euskotren Liga con cuatro participantes. Al año siguiente, la Euskotren Liga estrenaba un nuevo sistema de competición, con ocho participantes. Ascendieron las dos primeras de la Liga ET y Liga Gallega, junto a las tres primeras clasificadas de la Euskotren Liga. Tolosaldea, tuvo que disputar el playoff para continuar disputando ante las terceras clasificadas de ambas competiciones, y las guipuzcoanas consiguieron la permanencia. 

En el plano deportivo, la ampliación de la competición ha sido muy positiva, y es que la pugna por las banderas ha estado más igualada que nunca, con cuatro traineras compitiendo hasta la última palada. Donostia Arraun Lagunak, Orio Orialki y Nortindal Donostiarra Ur Kirolak han ganado 5, 4 y 4 victorias respectivamente, pero Tolosaldea también ha estado cerca de ondear alguna bandera. Finalmente, la competición cayó del lado de Donostia Arraun Lagunak gracias a los 95 puntos. 

*El laudo emitido por el Árbitro de la ACT el 8 de noviembre del 2010, resuelve que la temporada 2010 de la competición Euskotren Liga tenga dos ganadoras ex aequo